聚合物基質液相色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同；另外，在做柱性能測試時是按照色譜柱出廠報告中的條件進行，只有這樣，測得的結果才有可比性。
聚合物基質液相色譜柱的維護：
1.平衡
由工廠測試后是保存在乙腈/水中的。新柱應先使用10-20倍柱體積的甲醇或乙腈沖洗色譜柱。請一定確保您分析樣品所使用的流動相和乙腈/水互溶。每天用足夠的時間以流動相來平衡色譜柱，就會在處理問題方面獲得更大的"補償"。
2.再生
長期使用的色譜柱，往往柱效會下降(柱子的理論塔板數減低)。可以對色譜柱進行再生，在有條件的實驗室應使用一個廉價的泵進行柱子的再生。建議用來沖洗柱子的溶劑體積。
3.維護
a.使用預柱保護分析柱
b.大多數反相色譜柱的pH穩定范圍是2-7.5，盡量不超過該色譜柱的pH范圍；
c.避免流動相組成及極性的劇烈變化；
d.流動相使用前必須經脫氣和過濾處理；
e.如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中；
f.氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
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